Eine jüngere, kleine Kirche mit einem flachen Zementdach hat heute teilweise die Überreste der frühen christlichen Basilika überdeckt. Mit Mosaiken dekorierte Fußböden mit geometrischen Mustern und viele architektonische Teile der alten Kirche sind in der neuen aufbewahrt. Ein unterirdisches Gängesystem beherbergte zudem Relikte der Heiligen Isidore und Myrope, die in der frühchristlichen Zeit als Märtyrerin starb.
Die frühchristliche Basilika der Heiligen Isidore wurde in einem Bereich gebaut, der schon von römischen Strukturen vorgeprägt war. Der Überlieferung nach wurde die Kirche unter der Herrschaft von Konstantin IV Pogonatos in der zweiten Hälfte des 7. Jahrhunderts errichtet. Sie wurde mehrere Male im Verlaufe ihrer Geschichte repariert und überarbeitet - vermutlich in der Zeit fränkischer Besetzung, der späten byzantinischen Zeit und in der Neuzeit. Fünf architektonische Stile - der erste aus der Phase des 5. Jahrhunderts - wurden im Gebäude gefunden, aber 1881 im Erdbeben zerstört und in großem Maße verwischt.
G. Soteriou machte die ersten Ausgrabungsarbeiten auf diesem Gelände 1918. Diese wurden von A. Orlandos 1928 fortgesetzt. Auch 1981 und 1982 wurde noch archäologisch unter der Federführung vom 3. Ephorat der Byzantinischen Antike geforscht. Die Kirche ist ganzjährig geöffnet.